Tilsynsplanen dækker alle ministeriets uddannelses- og institutionsområder og er styrelsens overordnede styringsinstrument for tilsynet. Tilsynet følger som hidtil overvejende tre hovedspor, nemlig risikobaseret tilsyn, tematisk tilsyn og enkeltsagstilsyn. Det er et af styrelsens pejlemærker at videreudvikle et helhedsorienteret tilsyn, hvor det faglige, administrative og økonomiske tilsyn tænkes sammen i den enkelte tilsynsindsats.

Et centralt tema vil igen i år være de frie grundskolers overholdelse af uafhængighedskravet og frihed og folkestyre-kravet – en tilsynsopgave, der involverer både det økonomiske tilsyn og det faglige kvalitetstilsyn og kræver en koordinering af disse indsatser. Styrelsen vil styrke tilsynet med de frie grundskolers uafhængighed ved blandt andet at kortlægge og analysere omfanget af donationer til skolerne. Der vil også blive udviklet indikatorer, som skal bruges til risikobaserede tilsyn med skolernes opfyldelse af frihed og folkestyrekravet.

Det særlige fokus på frihed og folkestyre-kravet og uafhængighedskravet skal ses i sammenhæng med tre politiske aftaler fra de seneste år. Der er tale om aftale af 18. marts 2016 om styrkelse af kvaliteten på de frie grundskoler, forståelsespapir af 10. maj 2016 om delaftale om frie skoler og aftale af 7. november 2017 om styrket tilsyn med de frie grundskoler. De nævnte aftaler har blandt andet handlet om at indføre mere effektive retshåndhævelses- og sagsoplysningsinstrumenter i tilsynsvaretagelsen, der også har fået tilført yderligere ressourcer.